Hercules: synthetic biology

Hercules ist eine Must-Have-App für alle Biologen, genetische Ingenieure und Biochemiker.
Was ist Hercules?
Es ist ein fortgeschrittenes, schnelles, modernes und glattes Werkzeug, um die Proteinproduktion aus rekombinanten Expressionsversuchen zu maximieren. Es optimiert den Proteinausdruck und die Löslichkeit, während er viele hilfreiche Erkenntnisse und Beschreibungen über die Sequenzen bietet. Derzeit ist E. coli der unterstützte Host. Andere Gastgeber können in der Zukunft aufgenommen werden.
Was Herkules nicht ist?
Es ist keiner dieser einführenden pädagogischen Apps mit Definitionen und Erklärungen von Dingen mit hübschen Bildern. Es tut uns leid. Wenn hier nichts für Sie gesunken ist, empfehlen Sie die Verwendung einer Suchmaschine, um mehr über diese Funktionen zu erfahren. Ich unterstütze begrenzte Abfragen im Zusammenhang mit der App und den Abstürzen per E-Mail.
Funktionen:
- MRNA- und Eiweißmerkmale
Mehrere MRNA-Funktionen wie Codon Adaption Index (CAI), TRNA Adaption Index (Tai), GC-Inhalt, Proteinhydrophobie, Flexibilität und Löslichkeit werden berechnet. Ein Profildiagramm dieser Funktionen entlang der Sequenz wird ebenfalls angezeigt. Alle Sequenzen werden automatisch auf Signalpeptid über den Dienst von https://tisigner.com geprüft. Viele der Funktionen funktionieren vollständig offline.
- Vorhersage und Optimierung des MRNA-Ausdrucks.
Dies kann entweder durch die Verwendung der herkömmlichen Methoden des Maximierens des Codon-Anpassungsindex (CAI, SHARP und LI (1987)), dem TRNA-Anpassungsindex (Tai, Sabi et al. (2017)) und Minimierung von GC-Inhalten oder einem modernen Ansatz, indem Sie die Zugänglichkeit der Translation Initiation Site einstellen. Ein leistungsstarker, eingebauter, eingebauter multiObjektiver Optimierungsalgorithmus wird verwendet, um die Sequenz mit der herkömmlichen Methode zu optimieren, während Tisigner-Service von https://tiigner.com verwendet wird, um die Sequenz mit einem modernen Ansatz zu optimieren.
- Vorhersage und Optimierung der Proteinlöslichkeit
Dies erfolgt mit dem löslichkeitsgewichteten Index (SWI, Bhandari et al. (2020)), einer kürzlich schnellen und genauen Methode zur Vorhersage der Proteinlöslichkeit. Hercules hat einen eingebauten Optimierungsalgorithmus, um die Löslichkeit der Proteinsequenz zu optimieren.
Andere kleine Merkmale:
- Übersetzung, Ergänzung, Umgekehrte Ergänzung und Oligo-Schmelztemperaturberechnung. Diese Merkmale können nützlich sein, um die Planung von Polymerase-Kettenreaktionen (PCR) -Exexperimente nützlich sein.
- Mehr zu kommen ...
Bitte beachten Sie:
- Bitte lesen Sie die Option 'Hilfe' in der App, wenn Sie Sind unsicher über diese Funktionen.
- In dieser App gibt es absolut keine Anzeigen in dieser App, trotz des Play-Shops "enthält Anzeigen". Dies ist auf das EXPO SDK mit dem Publikumnetz von Facebook, obwohl die App keinen Code hat, um sogar die Bibliothek aufzurufen.
- Da viele der Funktionen lokal berechnet werden, kann die App in älteren Telefonen mit niedriger Verarbeitungsleistung spürbar in älteren Telefonen verzögern. Tut mir leid;)
Bekannte Probleme:
File-Speichern-Funktion kann dazu führen, dass die App auf neuere Android-Geräte (Android 11) auffällt, da die von Google in Bezug auf externer Speicher vorgenommene Änderung von Google in Anspruch genommen wird. Ich arbeite an einem Fix für dieses Problem.
Open Source?
- Um die Kangen zu entmutigen, ist dieses Projekt derzeit in der Nähe von. Wenn das Werkzeug jedoch etwas Traktion erhält, bin ich mehr als glücklich, das Projekt in der nahe gelegenen Zukunft zu eröffnen. Ich liebe offene Quelle so viel wie Sie und meine ganze Arbeit ist bisher geöffnet.