Hercules: synthetic biology

Hercules เป็นแอพที่ต้องมีสำหรับนักชีววิทยาวิศวกรพันธุศาสตร์และนักชีวเคมีทุกคน
Hercules คืออะไร? - เป็นเครื่องมือขั้นสูงรวดเร็วทันสมัยและลื่นไหลที่ออกแบบมาเพื่อเพิ่มการผลิตโปรตีนให้มากที่สุดจากการทดลองการแสดงออก recombinant มันปรับการแสดงออกของโปรตีนและการละลายโปรตีนในขณะที่ให้ข้อมูลเชิงลึกและคำอธิบายที่เป็นประโยชน์มากมายเกี่ยวกับลำดับ ปัจจุบัน E. coli เป็นโฮสต์ที่สนับสนุน โฮสต์อื่น ๆ อาจรวมอยู่ในอนาคต
สิ่งที่ hercules ไม่ได้?
มันไม่ใช่หนึ่งในแอปการศึกษาเบื้องต้นที่มีคำจำกัดความและคำอธิบายของสิ่งต่าง ๆ ที่มีรูปภาพสวย ๆ เสียใจ. หากไม่มีอะไรที่นี่ทำให้คุณเข้าใจฉันขอแนะนำให้ใช้เครื่องมือค้นหาเพื่อทราบข้อมูลเพิ่มเติมเกี่ยวกับคุณสมบัติเหล่านี้ ฉันสนับสนุนการสืบค้นที่เกี่ยวข้องกับแอพและการขัดข้องทางอีเมล
คุณสมบัติ:
- MRNA และคุณสมบัติโปรตีนใน MRNA หลายชนิดเช่นดัชนีการปรับตัวของ Codon (CAI), ดัชนีการปรับตัวของ TRNA (Tai) คำนวณเนื้อหา GC, โปรตีน hydrophobicity ความยืดหยุ่นและความสามารถในการละลาย พล็อตโปรไฟล์ของคุณสมบัติเหล่านี้ตามลำดับจะปรากฏขึ้นเช่นกัน ลำดับทั้งหมดจะถูกตรวจสอบโดยอัตโนมัติสำหรับสัญญาณเปปไทด์โดยใช้บริการ 'มีดโกน' จาก https://tisigner.com คุณสมบัติหลายอย่างทำงานได้อย่างสมบูรณ์แบบออฟไลน์
- การทำนายและการเพิ่มประสิทธิภาพของการแสดงออกของ MRNA
สิ่งนี้สามารถทำได้โดยการใช้วิธีการทั่วไปในการเพิ่มดัชนีการปรับตัวของ Codon (CAI, Sharp และ Li (1987)) ดัชนีการปรับ TRNA (Tai, Sabi et al. (2017)) และลดเนื้อหา GC หรือที่ทันสมัย วิธีการโดยปรับการเข้าถึงไซต์การเริ่มต้นการแปล อัลกอริทึมการเพิ่มประสิทธิภาพการเพิ่มประสิทธิภาพการมัลติฟังก์ชั่นที่ทรงพลังในการปรับลำดับให้เหมาะสมกับวิธีการทั่วไปในขณะที่บริการ Tisigner จาก https://tisigner.com ใช้เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพลำดับโดยใช้วิธีการที่ทันสมัย
- การทำนายและการปรับให้เหมาะสมของการละลายโปรตีนที่ทำโดยใช้ดัชนีการละลายน้ำหนัก (SWI, BHandari et al. (2020)) วิธีที่รวดเร็วและรวดเร็วในการทำนายการละลายโปรตีน Hercules มีอัลกอริทึมการเพิ่มประสิทธิภาพแบบ inbuilt เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการละลายของลำดับโปรตีน
คุณสมบัติขนาดเล็กอื่น ๆ :
- การแปล, เติมเต็ม, ส่วนประกอบย้อนกลับและการคำนวณอุณหภูมิละลาย oligo คุณสมบัติเหล่านี้อาจมีประโยชน์สำหรับการวางแผนปฏิกิริยาลูกโซ่โพลีเมอร์ (PCR)
- เพิ่มเติมเพื่อมา ...
โปรดทราบ:
- โปรดอ่าน 'ความช่วยเหลือ' ภายในแอปถ้าคุณ ไม่แน่ใจเกี่ยวกับคุณสมบัติเหล่านี้
- ไม่มีโฆษณาในแอพนี้อย่างแน่นอนแม้จะมีร้านเล่นที่พูดว่า 'มีโฆษณา' นี่เป็นเพราะเอ็กซ์โป SDK โดยใช้เครือข่ายผู้ชมของ Facebook แม้ว่าแอปจะไม่มีรหัสแม้แต่โทรไปที่ห้องสมุด
- เนื่องจากคุณสมบัติจำนวนมากคำนวณในประเทศแอปอาจชะลอตัวลงอย่างเห็นได้ชัดในโทรศัพท์รุ่นเก่าที่มีพลังการประมวลผลต่ำ ขออภัยเกี่ยวกับเรื่องนี้;)
ปัญหาที่ทราบ:
คุณสมบัติการบันทึกโฟลว์อาจทำให้แอปขัดข้องในอุปกรณ์ Android ที่ใหม่กว่า (Android 11) เนื่องจากการเปลี่ยนแปลงที่เกิดขึ้นโดย Google ที่เกี่ยวข้องกับการจัดเก็บข้อมูลภายนอก ฉันกำลังแก้ไขปัญหานี้สำหรับปัญหานี้
โอเพ่นซอร์ส?
- เพื่อกีดกันคิงเกอร์โครงการนี้ปิดแหล่งที่มา อย่างไรก็ตามหากเครื่องมือได้รับการฉุดบางอย่างฉันมีความสุขมากกว่าที่จะเปิดโครงการในอนาคตใกล้เคียง ฉันชอบโอเพ่นซอร์สมากเท่าที่คุณทำและงานทั้งหมดของฉันจนถึงการเปิดแหล่งที่มา