Hercules: synthetic biology

Hércules es una aplicación imprescindible para todos los biólogos, ingenieros genéticos y bioquímicos.
¿Cuál es Hércules?
Es un rápido, moderno y pulido herramienta avanzada, diseñada para maximizar la producción de proteínas recombinantes a partir de experimentos de expresión. Optimiza la expresión de proteína y la solubilidad al tiempo que proporciona muchas ideas útiles y descripciones acerca de las secuencias. Actualmente, E. coli es el anfitrión compatible. Otros anfitriones pueden incluirse en el futuro.
Lo que no es Hércules?
No es una de esas aplicaciones educativas introductorias con las definiciones y explicaciones de las cosas con las imágenes bonitas. Perdón. Si nada aquí tenía sentido para usted, le recomiendo usar un buscador para saber más acerca de estas características. Yo apoyo búsquedas relacionadas con aplicación limitada y se bloquea por correo electrónico Características
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- ARNm y proteínas características
Varios ARNm características tales como codón índice de adaptación (CAI), Índice de Adaptación ARNt (TAI), contenido de GC, la hidrofobicidad de proteínas, la flexibilidad y la solubilidad se calculan. También se muestra una gráfico de perfil de estas características a lo largo de la secuencia. Todas las secuencias se comprueban automáticamente para el péptido señal utilizando el servicio 'Razor' de https://tisigner.com. Muchas de las operaciones de trabajo completamente fuera de línea.
- Predicción y optimización de la expresión del ARNm.
Esto se puede hacer ya sea usando los métodos convencionales de maximizar Codon índice de adaptación (CAI, Sharp y Li (1987)), tRNA índice de adaptación (Tai, Sabi et al. (2017)) y minimizar el contenido de GC o un moderno acercarse sintonizando la accesibilidad del sitio de iniciación de la traducción. Un potente algoritmo de optimización multiobjetivo incorporado, se utiliza para optimizar la secuencia utilizando el método convencional, mientras que, el servicio TIsigner de https://tisigner.com se utiliza para optimizar la secuencia utilizando un enfoque moderno.
- Predicción y optimización de solubilidad de la proteína
Esto se hace mediante el índice ponderado por la solubilidad, una reciente rápido y preciso método de predicción de la solubilidad de proteínas, (SWI, Bhandari et al (2020).). Hercules tiene incorporado un algoritmo de optimización para optimizar la solubilidad de la secuencia de la proteína
Otras características: pequeños.
- Traducción, complemento, complemento inverso y temperaturas de fusión oligo cálculo. Estas características podrían ser útiles para la planificación de los experimentos de reacción de polimerasa en cadena (PCR)
- más por venir ...
Por favor nota:.
- Por favor lea la 'Ayuda' dentro de la aplicación, si no están seguros acerca de estas características
-. No hay absolutamente ningún anuncio en esta aplicación, a pesar de la tienda juego diciendo 'contiene anuncios'. Esto es debido a la exposición utilizando el SDK de audiencia de la red de Facebook, aunque la aplicación no tiene código para llamar, incluso la biblioteca
-. Puesto que muchas de las características se calculan a nivel local, la aplicación puede retrasarse considerablemente en los teléfonos antiguos con baja capacidad de procesamiento. Lo siento;)
Problemas conocidos:
-File característica puede hacer que la aplicación se bloquee en los dispositivos Android más recientes (Android 11), debido a un cambio realizado por Google en relación con el ahorro de almacenamiento externo. . Estoy trabajando en una solución para este problema
de código abierto
-? Para disuadir a los kangers, este proyecto se encuentra actualmente cerca de origen. Sin embargo, si la herramienta se pone algo de tracción, estoy más que feliz de código abierto del proyecto en alrededores futuro. Me encanta código abierto como todo lo que haces y todo mi trabajo hasta ahora es de código abierto.