Hercules: synthetic biology

Hercules è un must-have app per tutti i biologi, ingegneri e biochimici genetici.
cosa è Ercole?
Si tratta di uno strumento avanzato, veloce, moderno e liscia progettata per massimizzare la produzione di proteine ​​da esperimenti di espressione ricombinanti. Ottimizza l'espressione della proteina e la solubilità, fornendo molte intuizioni utili e descrizioni riguardanti le sequenze. Attualmente, E. coli è l'host supportato. Altri host possono essere inclusi in futuro.
cosa Hercules non è?
Non è una di quelle applicazioni educative introduttivi con definizioni e spiegazioni di cose con belle immagini. Scusate. Se non qui aveva un senso per te, mi consiglia di utilizzare un motore di ricerca per saperne di più su queste caratteristiche. Sono favorevole offerte simili a app limitato e si blocca via e-mail
Caratteristiche:.
- mRNA e di proteine ​​caratteristiche
Diversi mRNA caratteristiche come Codone Adattamento Index (CAI), tRNA adattamento Index (TAI), contenuto di GC, idrofobicità della proteina, la flessibilità e la solubilità vengono calcolati. Viene visualizzato anche un appezzamento profilo di queste caratteristiche lungo la sequenza. Tutte le sequenze sono controllati automaticamente per peptide segnale utilizzando il servizio 'Razor' dal https://tisigner.com. Molte delle caratteristiche funziona completamente offline.
- Previsione e ottimizzazione di espressione di mRNA.
Questo può essere fatto sia usando i metodi convenzionali di massimizzare Codone Indice Adattamento (CAI, Sharp e Li (1987)), tRNA adattamento Index (Tai, Sabi et al. (2017)) e riducendo al minimo il contenuto GC o un moderno avvicinarsi sintonizzando l'accessibilità del sito inizio traduzione. Un potente algoritmo di ottimizzazione, integrato multiobiettivo è usato per ottimizzare la sequenza usando il metodo convenzionale, mentre, il servizio TIsigner da https://tisigner.com è usato per ottimizzare la sequenza usando un approccio moderno.
- Previsione e ottimizzazione di proteine ​​solubilità
Questo viene fatto usando il Solubilità-Weighted Index, un recente, veloce e preciso metodo di previsione solubilità delle proteine ​​(SWI, Bhandari et al (2020).). Hercules ha un algoritmo di ottimizzazione integrato per ottimizzare la solubilità della sequenza della proteina
Altre caratteristiche: piccole.
- Traduzione, complemento, complemento inverso e oligo fusione di calcolo temperature. Queste caratteristiche potrebbero essere utili per la pianificazione di Polymerase Chain Reaction (PCR) esperimenti
- più a venire ...
. Prego notare:
- Si prega di leggere la 'Guida' dentro l'applicazione, se si sono incerti circa queste caratteristiche
-. non ci sono assolutamente annunci in questa applicazione, nonostante il negozio di gioco dicendo 'contiene annunci'. Ciò è dovuto alla SDK expo utilizzando Facebook Audience Network, anche se l'applicazione non ha il codice per chiamare anche la biblioteca
-. Dal momento che molte delle caratteristiche sono calcolati a livello locale, l'applicazione può essere in ritardo notevolmente nei telefoni più anziani con bassa potenza di elaborazione. Mi dispiace per quello;)
Problemi noti:
-File funzione di risparmio può causare l'applicazione per bloccarsi in dispositivi più recenti Android (Android 11) a causa di una modifica apportata da Google per quanto riguarda storage esterno. . Sto lavorando su una correzione per questo problema
Open source
-? Per scoraggiare i kangers, questo progetto è attualmente vicino provenienza. Tuttavia, se lo strumento ottiene una certa trazione, io sono più che felice di open source il progetto in futuro vicino. Mi piace l'open source tanto quanto si fa e tutto il mio lavoro finora è open-source.