Hercules: synthetic biology

Hercules adalah aplikasi yang harus dimiliki untuk semua ahli biologi, insinyur genetika dan ahli biokimis.
Apa itu Hercules? Situs Ini adalah alat canggih, cepat, modern, dan slick yang dirancang untuk memaksimalkan produksi protein dari eksperimen ekspresi rekombinan. Ini mengoptimalkan ekspresi protein dan kelarutan sambil memberikan banyak wawasan dan deskripsi yang bermanfaat tentang urutannya. Saat ini, E. coli adalah tuan rumah yang didukung. Host lain dapat dimasukkan di masa depan.
Apa Hercules bukan?
Ini bukan salah satu dari aplikasi pendidikan pengantar dengan definisi dan penjelasan tentang gambar-gambar cantik. Maaf. Jika tidak ada yang masuk akal bagi Anda, saya akan merekomendasikan menggunakan mesin pencari untuk mengetahui lebih banyak tentang fitur-fitur ini. Saya mendukung kueri terbatas terkait dengan aplikasi dan crash melalui email.
Fitur:
- Fitur MRNA dan protein
Beberapa fitur MRNA seperti Indeks Adaptasi Codon (CAI), Indeks Adaptasi TRNA (TAI), Konten GC, hydrofobisitas protein, fleksibilitas dan kelarutan dihitung. Plot profil dari fitur-fitur ini sepanjang urutan juga ditampilkan. Semua urutan secara otomatis diperiksa untuk peptida sinyal menggunakan layanan 'razor' dari https://tiSigner.com. Banyak fitur berfungsi sepenuhnya offline.
- Prediksi dan optimalisasi ekspresi mRNA.
Ini dapat dilakukan dengan menggunakan metode konvensional untuk memaksimalkan Indeks Adaptasi Codon (CAI, SHARP dan LI (1987)), Indeks Adaptasi TRNA (Tai, Sabi et al. (2017)) dan meminimalkan konten GC atau modern Pendekatan dengan menyetel aksesibilitas situs inisiasi terjemahan. Algoritma optimasi multiobjektif yang kuat dan inbuilt digunakan untuk mengoptimalkan urutan menggunakan metode konvensional, sedangkan, layanan TiSigner dari https://tisigner.com digunakan untuk mengoptimalkan urutan menggunakan pendekatan modern.
- Prediksi dan Optimalisasi Kelarutan Protein Situs Ini dilakukan dengan menggunakan indeks tertimbang kelarutan (SWI, Bhandari et al. (2020)), metode baru-baru ini, cepat dan akurat untuk memprediksi kelarutan protein. Hercules memiliki algoritma pengoptimalan inbuilt untuk mengoptimalkan kelarutan urutan protein.
Fitur kecil lainnya:
- Terjemahan, pelengkap, pembesaran terbalik dan perhitungan suhu mencair oligo. Fitur-fitur ini mungkin berguna untuk merencanakan eksperimen reaksi rantai polimerase (PCR).
- Lebih untuk datang ...
Harap dicatat:
- Silakan baca 'Bantuan' di dalam aplikasi, jika Anda Tidak yakin tentang fitur-fitur ini.
- Sama sekali tidak ada iklan di aplikasi ini, meskipun Play Store mengatakan 'berisi iklan'. Hal ini disebabkan oleh EXPO SDK menggunakan jaringan audiens Facebook, meskipun aplikasi tidak memiliki kode untuk bahkan memanggil perpustakaan.
- Karena banyak fitur dihitung secara lokal, aplikasi mungkin tertinggal pada ponsel pengolahan yang rendah dengan daya yang rendah. Maaf tentang itu;)
Masalah yang Diketahui:
Fitur penyimpananFile dapat menyebabkan aplikasi mogok pada perangkat Android yang lebih baru (Android 11) karena perubahan yang dibuat oleh Google mengenai penyimpanan eksternal. Saya sedang mengerjakan perbaikan untuk masalah ini.
Open Source?
- Untuk mencegah Kangers, proyek ini saat ini bersumber. Namun, jika alat mendapat traksi, saya lebih dari senang untuk membuka sumber proyek di masa depan terdekat. Saya suka open source sebanyak yang Anda lakukan dan semua pekerjaan saya sejauh ini bersumber terbuka.