Hercules: synthetic biology

Hercules là một ứng dụng phải có cho tất cả các nhà sinh học, kỹ sư di truyền và các nhà hóa sinh.
Hercules là gì?
Đây là một công cụ tiên tiến, nhanh chóng, hiện đại và slick được thiết kế để tối đa hóa sản xuất protein từ các thí nghiệm biểu hiện tái tổ hợp. Nó tối ưu hóa biểu hiện và độ hòa tan của protein trong khi cung cấp nhiều hiểu biết và mô tả hữu ích về các chuỗi. Hiện tại, E. coli là máy chủ được hỗ trợ. Các máy chủ khác có thể được bao gồm trong tương lai.
Hercules nào là gì?
Đây không phải là một trong những ứng dụng giáo dục giới thiệu với các định nghĩa và giải thích về những thứ có hình ảnh đẹp. Xin lỗi. Nếu không có gì ở đây có ý nghĩa với bạn, tôi khuyên bạn nên sử dụng một công cụ tìm kiếm để biết thêm về các tính năng này. Tôi hỗ trợ các truy vấn giới hạn liên quan đến ứng dụng và sự cố qua email.
Các tính năng:
- Các tính năng MRNA và Protein
Một số tính năng MRNA như Chỉ số điều chỉnh Codon (CAI), Chỉ số Thích ứng GRNA (Tai), Nội dung GC, Protein Hydrophobolicity, Tính linh hoạt và độ hòa tan được tính toán. Một lô hồ sơ các tính năng này dọc theo trình tự cũng được hiển thị. Tất cả các chuỗi được tự động kiểm tra tín hiệu peptide bằng cách sử dụng dịch vụ 'dao cạo' từ https://tisigner.com. Nhiều tính năng hoạt động hoàn toàn ngoại tuyến.
- Dự đoán và tối ưu hóa biểu hiện mRNA.
Điều này có thể được thực hiện bằng cách sử dụng các phương thức thông thường để tối đa hóa Chỉ số thích ứng Codon (CAI, SHARP và LI (1987)), Chỉ số thích ứng Trna (Tai, Sabi et al. (2017)) và giảm thiểu nội dung GC hoặc hiện đại Cách tiếp cận bằng cách điều chỉnh khả năng truy cập của trang web khởi tạo dịch thuật. Một thuật toán tối ưu hóa đa điểm mạnh mẽ, sẵn sàng được sử dụng để tối ưu hóa chuỗi bằng phương thức thông thường, trong khi, dịch vụ Tisigner từ https://tisigner.com được sử dụng để tối ưu hóa trình tự bằng cách sử dụng cách tiếp cận hiện đại.
- Dự đoán và tối ưu hóa protein hòa tan
Điều này được thực hiện bằng chỉ số có trọng lượng hòa tan (SWI, Bhandari et al. (2020)), một phương pháp gần đây, nhanh chóng và chính xác để dự đoán độ hòa tan protein. Hercules có thuật toán tối ưu hóa sẵn có để tối ưu hóa độ hòa tan của trình tự protein.
Các tính năng nhỏ khác:
- dịch thuật, bổ sung, bổ sung ngược và tính toán nhiệt độ tan chảy oligo. Các tính năng này có thể hữu ích để lập kế hoạch các thí nghiệm phản ứng chuỗi polymerase (PCR).
- nhiều hơn nữa để đến ...
Xin lưu ý:
- Vui lòng đọc 'Trợ giúp' bên trong ứng dụng, nếu bạn không chắc chắn về các tính năng này.
- Hoàn toàn không có quảng cáo nào trong ứng dụng này, mặc dù cửa hàng Play Say 'chứa quảng cáo'. Điều này là do SDK triển lãm bằng cách sử dụng mạng đối tượng của Facebook, mặc dù ứng dụng không có mã nào để gọi là thư viện.
- Vì nhiều tính năng được tính tại địa phương, ứng dụng có thể lag đáng chú ý trong điện thoại cũ với sức mạnh xử lý thấp. Xin lỗi về điều đó;)
Các vấn đề đã biết:
Tính năng tiết kiệm -File có thể khiến ứng dụng bị sập trên các thiết bị Android mới hơn (Android 11) do thay đổi được thực hiện bởi Google về bộ nhớ ngoài. Tôi đang làm việc sửa chữa cho vấn đề này.
Nguồn mở?
- Để ngăn chặn Kangers, dự án này hiện đang đóng cửa. Tuy nhiên, nếu công cụ có một số lực kéo, tôi rất vui khi mở nguồn dự án trong tương lai gần đó. Tôi yêu nguồn mở nhiều như bạn làm và tất cả các công việc của tôi cho đến nay là mở cửa.