Hercules: synthetic biology

Ang Hercules ay isang kailangang-may app para sa lahat ng mga biologist, genetic engineer at biochemist.
Ano ang Hercules?
Ito ay isang advanced, mabilis, moderno at makinis na tool na dinisenyo upang mapakinabangan ang produksyon ng protina mula sa mga eksperimento ng recombinant expression. Ini-optimize nito ang expression at solubility ng protina habang nagbibigay ng maraming kapaki-pakinabang na pananaw at paglalarawan tungkol sa mga pagkakasunud-sunod. Sa kasalukuyan, ang E. Coli ay ang suportadong host. Ang iba pang mga host ay maaaring kasama sa hinaharap.
Ano ang Hercules ay hindi?
Hindi ito isa sa mga pambungad na pang-edukasyon na apps na may mga kahulugan at paliwanag ng mga bagay na may magagandang larawan. Paumanhin. Kung walang nararamdaman sa iyo, gusto kong magrekomenda ng paggamit ng isang search engine upang malaman ang higit pa tungkol sa mga tampok na ito. Sinusuportahan ko ang mga limitadong query na may kaugnayan sa app at nag-crash sa pamamagitan ng email.
Mga Tampok:
- Mga Tampok ng MRNA at Protein
Maraming mga tampok ng MRNA tulad ng CODON adaptation index (CAI), TRNA adaptation index (Tai), Ang nilalaman ng GC, protina hydrophobicity, flexibility at solubility ay kinakalkula. Ang isang profile plot ng mga tampok na ito kasama ang pagkakasunud-sunod ay ipinapakita din. Ang lahat ng mga pagkakasunud-sunod ay awtomatikong naka-check para sa signal peptide gamit ang 'Razor' na serbisyo mula sa https://tisigner.com. Marami sa mga tampok ang ganap na gumagana nang offline.
- Prediction at pag-optimize ng expression mRNA.
Maaari itong gawin sa pamamagitan ng paggamit ng mga maginoo na pamamaraan ng pag-maximize ng index ng adaptation ng codon (Cai, Sharp at Li (1987)), TRNA adaptation index (Tai, Sabi et al. (2017)) at pagliit ng nilalaman ng GC o isang modernong diskarte sa pamamagitan ng pag-tune ng access ng site ng pagsisimula ng pagsasalin. Ang isang malakas, inbuilt multiobject optimization algorithm ay ginagamit upang i-optimize ang pagkakasunud-sunod gamit ang maginoo na paraan, samantalang, ang serbisyo ng Tisigner mula sa https://tisigner.com ay ginagamit upang ma-optimize ang pagkakasunud-sunod gamit ang isang modernong diskarte.
- Prediction at pag-optimize ng solubility ng protina
Ito ay ginagawa gamit ang solubility-weighted index (Swi, Bhandari et al. (2020)), isang kamakailang, mabilis at tumpak na paraan ng predicting solubility ng protina. Ang Hercules ay may inbuilt na algorithm sa pag-optimize upang ma-optimize ang solubility ng pagkakasunud-sunod ng protina.
Iba pang maliliit na tampok:
- pagsasalin, pandagdag, reverse complement at oligo temperatura pagkalkula. Ang mga tampok na ito ay maaaring maging kapaki-pakinabang para sa pagpaplano ng mga eksperimento ng polymerase chain (PCR).
- Higit pang mga darating ...
Pakitandaan:
- Mangyaring basahin ang 'tulong' sa loob ng app, kung ikaw ay hindi sigurado tungkol sa mga tampok na ito.
- Mayroong ganap na walang mga ad sa app na ito, sa kabila ng Play Store na nagsasabi na 'Naglalaman ng mga ad'. Ito ay dahil sa EXPO SDK gamit ang network ng madla ng Facebook, bagaman ang app ay walang code upang kahit na tumawag sa library.
- Dahil marami sa mga tampok ay nakalkula sa isang lugar, ang app ay maaaring mahuli kapansin-pansin sa mas lumang mga telepono na may mababang kapangyarihan sa pagpoproseso. Paumanhin tungkol sa na;)
Mga kilalang isyu:
-File pag-save ng tampok ay maaaring maging sanhi ng pag-crash ng app sa mas bagong mga Android device (Android 11) dahil sa isang pagbabago na ginawa ng Google tungkol sa panlabas na imbakan. Ako ay nagtatrabaho sa isang pag-aayos para sa isyung ito.
Open Source?
- Upang pigilan ang mga Kangers, ang proyektong ito ay kasalukuyang malapit na galing. Gayunpaman, kung ang tool ay makakakuha ng ilang traksyon, ako ay higit pa sa masaya upang buksan ang pinagmulan ng proyekto sa malapit na hinaharap. Gustung-gusto ko ang open source hangga't ginagawa mo at lahat ng aking trabaho sa ngayon ay bukas-sourced.