Hercules: synthetic biology

Hercules jest obowiązkową aplikacją dla wszystkich biologów, inżynierów genetycznych i biochemików.
Co to jest Hercules?
Jest to zaawansowane, szybkie, nowoczesne i śliskie narzędzie zaprojektowane, aby zmaksymalizować produkcję białek z rekombinowanych eksperymentów ekspresji. Optymalizuje wyrażenie i rozpuszczalność białka, zapewniając jednocześnie wiele atrakcyjnych spostrzeżeń i opisów o sekwencjach. Obecnie E. coli jest obsługiwanym gospodarzem. Inni gospodarze mogą być wliczone w przyszłość.
co nie jest hercules?
Nie jest to jedna z tych wprowadzających aplikacje edukacyjne z definicjami i wyjaśnieniami rzeczy z ładnymi obrazami. Przepraszam. Jeśli nic tu nie ma sensu, polecam korzystanie z wyszukiwarki, aby dowiedzieć się więcej o tych funkcjach. Wspieram ograniczone zapytania związane z aplikacją i zawiesza się za pośrednictwem poczty e-mail.
Funkcje:
MRNA i Protein
Kilka funkcji MRNA, takich jak Codon Indeks Adaptation (CAI), Indeks adaptacji TRNA (TAI), Zawartość GC obliczana jest hydrofobowość białkowa, elastyczność i rozpuszczalność. Wyświetlana jest również wykres profilu tych funkcji wzdłuż sekwencji. Wszystkie sekwencje są automatycznie sprawdzane dla peptydu sygnału przy użyciu usługi "Razor" z https://tisigner.com. Wiele funkcji działa całkowicie w trybie offline.
- Przewidywanie i optymalizacja wyrażenia mRNA.
Można to zrobić za pomocą konwencjonalnych metod maksymalizacji wskaźnika adaptacji kodonów (CAI, Sharp i Li (1987)), Indeks adaptacji TRNA (TAI, SABI i in. (2017)) i minimalizując zawartość GC lub nowoczesny podejście poprzez dostrajanie dostępności witryny inicjacji tłumaczenia. Potężny, wbudowany multiobjective algorytm optymalizacji służy do optymalizacji sekwencji przy użyciu konwencjonalnej metody, podczas gdy usługa TiSigner z https://tisigner.com służy do optymalizacji sekwencji przy użyciu nowoczesnego podejścia.
- Przewidywanie i optymalizacja rozpuszczalności białka
Odbywa się to przy użyciu indeksu substancji ważonej (SWI, BHandari i in. (2020)), niedawna, szybka i dokładna metoda przewidywania rozpuszczalności białka. Hercules ma wbudowany algorytm optymalizacji, aby zoptymalizować rozpuszczalność sekwencji białkowej.
Inne małe funkcje:
- tłumaczenie, uzupełnienie, odwrotne uzupełnienie i obliczanie temperatury topienia oligo. Funkcje te mogą być przydatne do planowania eksperymentów reakcji łańcuchowych polimerazy (PCR).
- Więcej ...
Uwaga:
- Przeczytaj "Pomoc" w aplikacji, jeśli Ty nie są pewni co do tych funkcji.
- Nie ma absolutnie żadnych reklam w tej aplikacji, pomimo sklepie odtwarzania "zawiera reklamy". Wynika to z EXPO SDK przy użyciu sieci publiczności Facebook, chociaż aplikacja nie ma kodu, aby nawet nazywać bibliotekę.
- Ponieważ wiele funkcji jest obliczane lokalnie, aplikacja może opóźnić zauważalnie w starszych telefonach o niskiej mocy obróbki. Przepraszam za to;)
Znane problemy:
-File Funkcja Zapisywanie może spowodować awarię aplikacji na nowszych urządzeniach Android (Android 11) ze względu na zmianę przez Google w zakresie przechowywania zewnętrznego. Pracuję nad naprawą tego problemu.
Otwórz Źródło?
- Aby zniechęcić do kangerów, ten projekt jest obecnie blisko źródeł. Jeśli jednak narzędzie otrzyma trochę trakcji, jestem bardziej niż szczęśliwy, aby otworzyć source projekt w pobliskiej przyszłości. Uwielbiam otwarty source tak bardzo, jak ty i jak dotąd całą moją pracę jest otwarta.