Hercules: synthetic biology

Hercules adalah aplikasi mesti ada untuk semua ahli biologi, jurutera genetik dan ahli biokimia.
Apa itu Hercules?
Ini adalah alat yang maju, cepat, moden dan licin yang direka untuk memaksimumkan pengeluaran protein dari eksperimen ekspresi rekombinan. Ia mengoptimumkan ungkapan protein dan kelarutan sambil memberikan banyak pandangan dan penerangan yang berguna mengenai urutan. Pada masa ini, E. Coli adalah tuan rumah yang disokong. Tuan rumah lain boleh dimasukkan ke dalam masa depan.
Apa yang Hercules tidak?
Ini bukan salah satu daripada aplikasi pengantar pengantar dengan definisi dan penjelasan mengenai perkara-perkara yang cantik. Maaf. Sekiranya tidak ada yang masuk akal untuk anda, saya akan mengesyorkan menggunakan enjin carian untuk mengetahui lebih lanjut mengenai ciri-ciri ini. Saya menyokong pertanyaan terhad yang berkaitan dengan aplikasi dan kemalangan melalui e-mel.
Ciri-ciri:
- Ciri-ciri MRNA dan Protein
Beberapa ciri MRNA seperti Indeks Penyesuaian Codon (CAI), Indeks Penyesuaian TRNA (TAI), Kandungan GC, hidrofobisiti protein, fleksibiliti dan kelarutan dikira. Plot profil ciri-ciri ini sepanjang urutan juga dipaparkan. Semua urutan secara automatik diperiksa untuk peptida isyarat menggunakan perkhidmatan 'Razor' dari https://tisigner.com. Banyak ciri berfungsi sepenuhnya di luar talian.
- Ramalan dan pengoptimuman ungkapan MRNA.
ini boleh dilakukan dengan menggunakan kaedah konvensional untuk memaksimumkan Indeks Penyesuaian Codon (CAI, SHARP dan LI (1987)), Indeks Penyesuaian TRNA (TAI, SABI et al. (2017)) dan meminimumkan kandungan GC atau moden pendekatan dengan menala kebolehaksesan laman inisiasi terjemahan. Algoritma pengoptimuman pelbagai yang kuat dan terbina digunakan untuk mengoptimumkan urutan menggunakan kaedah konvensional, sedangkan, perkhidmatan TisiGNER dari https://tisigner.com digunakan untuk mengoptimumkan urutan menggunakan pendekatan moden.
- Ramalan dan pengoptimuman kelarutan protein
Ini dilakukan dengan menggunakan indeks berwajaran kelarutan (SWI, Bhandari et al. (2020)), satu kaedah yang pantas dan tepat untuk meramalkan kelarutan protein. Hercules mempunyai algoritma pengoptimuman yang terbina untuk mengoptimumkan kelarutan urutan protein.
Ciri-ciri kecil lain:
- terjemahan, pelengkap, pelengkap terbalik dan pengiraan suhu lebur oligo. Ciri-ciri ini mungkin berguna untuk merancang eksperimen reaksi rantaian polimerase (PCR).
- Lagi yang akan datang ...
Sila ambil perhatian:
- Sila baca 'Bantuan' di dalam aplikasinya, jika anda tidak pasti mengenai ciri-ciri ini.
- Tidak ada iklan yang sama sekali dalam aplikasi ini, walaupun kedai bermain mengatakan 'Mengandungi iklan'. Ini disebabkan oleh Ekspo SDK menggunakan rangkaian penonton Facebook, walaupun aplikasi tidak mempunyai kod untuk menghubungi perpustakaan.
- Memandangkan banyak ciri yang dikira secara tempatan, aplikasi mungkin tertinggal di telefon yang lebih tua dengan kuasa pemprosesan yang rendah. Maaf tentang itu;)
Isu-isu yang diketahui:
-File Ciri penjimatan boleh menyebabkan aplikasinya jatuh pada peranti Android yang lebih baru (Android 11) kerana perubahan yang dibuat oleh Google mengenai storan luaran. Saya sedang berusaha untuk menyelesaikan masalah ini.
Sumber Terbuka?
- Untuk tidak menggalakkan kangers, projek ini kini bersahaja. Walau bagaimanapun, jika alat itu mendapat daya tarikan, saya lebih gembira untuk membuka sumber projek di masa depan yang berhampiran. Saya suka sumber terbuka sebanyak yang anda lakukan dan semua kerja saya setakat ini terbuka.