Hercules: synthetic biology

Hercules est une application indispensable pour tous les biologistes, les ingénieurs génétiques et les biochimistes.
Qu'est-ce que HERCULES?
Il s'agit d'un outil avancé, rapide, moderne et slick conçu pour maximiser la production de protéines à partir d'expériences d'expression recombinante. Il optimise l'expression de protéines et la solubilité tout en fournissant de nombreuses informations et descriptions utiles sur les séquences. Actuellement, E. coli est l'hôte pris en charge. D'autres hôtes peuvent être inclus dans le futur.
Ce que Hercules n'est pas?
Ce n'est pas l'une de ces applications éducatives introductives avec des définitions et des explications de choses avec de jolies images. Désolé. Si rien ici n'a de sens pour vous, je vous recommanderais d'utiliser un moteur de recherche pour en savoir plus sur ces fonctionnalités. Je soutiens les requêtes limitées liées à l'application et aux accidents par courrier électronique.
Caractéristiques:
- Caractéristiques de l'ARNm et des protéines
Plusieurs fonctionnalités de l'ARNm, telles que l'indice d'adaptation du codon (CAI), l'indice d'adaptation de l'ARN (TAI), Contenu GC, hydrophobicité de protéines, flexibilité et solubilité sont calculés. Un graphique de profil de ces caractéristiques le long de la séquence est également affiché. Toutes les séquences sont automatiquement vérifiées pour le peptide de signal à l'aide du service 'Razor' à partir de https://tisigner.com. Beaucoup de fonctionnalités fonctionnent complètement hors ligne.
- Prévision et optimisation de l'expression de l'ARNm.
Ceci peut être fait en utilisant les méthodes conventionnelles de maximisation de l'indice d'adaptation du codon (CAI, Sharp et Li (1987)), Indice d'adaptation de l'ARN (Tai, SABI et al. (2017)) et minimisant la teneur en GC ou un moderne approche en accordant l'accessibilité du site d'initiation de la traduction. Un algorithme d'optimisation multibjectif puissant et intégré est utilisé pour optimiser la séquence à l'aide de la méthode conventionnelle, tandis que, Tisigner Service de https://tisigner.com est utilisé pour optimiser la séquence à l'aide d'une approche moderne.
- Prévision et optimisation de la solubilité des protéines
Ceci est fait à l'aide de l'indice pondéré de solubilité (SWI, Bhandari et al. (2020)), une méthode récente, rapide et précise de prédire la solubilité protéique. Hercules a un algorithme d'optimisation intégré pour optimiser la solubilité de la séquence de protéines.
- traduction, complément, complément inverse et calée de fusion oligo. Ces caractéristiques peuvent être utiles pour la planification des expériences de la réaction de la chaîne de la polymérase (PCR).
- plus à venir ...
Veuillez noter:
Veuillez lire "l'aide" à l'intérieur de l'application, si vous ne sont pas sûr de ces fonctionnalités.
- Il n'y a absolument aucune annonce dans cette application, malgré le dicton de jeu "Contient des annonces". Cela est dû à l'EXPO SDK à l'aide du réseau d'audience de Facebook, bien que l'application n'ait aucun code pour même appeler la bibliothèque.
- Étant donné que de nombreuses fonctionnalités sont calculées localement, l'application peut être décalée visiblement dans des téléphones plus anciens à faible puissance de traitement. Désolé pour ça;)
Problèmes connus:
Fonction d'économie de fichier Peut causer l'application sur les appareils Android plus récents (Android 11) en raison d'une modification apportée par Google concernant le stockage externe. Je travaille sur une solution pour ce problème.
Open Source?
- Pour décourager les kangers, ce projet est actuellement proches. Cependant, si l'outil obtient une traction, je suis plus qu'heureux d'ouvrir la source le projet dans le futur voisin. J'aime l'open source autant que vous le faites et tout mon travail jusqu'à présent est ouvert.