Hercules: synthetic biology

Hércules é um aplicativo obrigatório para todos os biólogos, engenheiros genéticos e bioquímicos.
O que é Hércules?
É uma ferramenta avançada, rápida, moderna e escorregadia projetada para maximizar a produção de proteínas de experimentos de expressão recombinante. Otimiza a expressão de proteína e a solubilidade, proporcionando muitos insights e descrições úteis sobre as seqüências. Atualmente, E. coli é o host suportado. Outros anfitriões podem ser incluídos no futuro.
O que Hércules não é?
Não é um desses aplicativos educacionais introdutórios com definições e explicações das coisas com fotos bonitas. Desculpa. Se nada aqui fizeram sentido para você, eu recomendo usar um mecanismo de pesquisa para saber mais sobre esses recursos. Eu suporto consultas limitadas relacionadas ao aplicativo e falhas via e-mail.
Características:
- ARNM e Proteína Recursos
Vários recursos de ARNm, como índice de adaptação de códon, índice de adaptação de TRNA (TAI), Conteúdo GC, hidrofobicidade de proteína, flexibilidade e solubilidade são calculados. Um lote de perfil desses recursos ao longo da sequência também é exibido. Todas as seqüências são automaticamente verificadas para peptídeo de sinal usando o serviço 'Razor' de https://tisigner.com. Muitos dos recursos funcionam completamente off-line.
- Previsão e otimização da expressão de mRNA.
Isto pode ser feito usando os métodos convencionais de maximizar o índice de adaptação do códon (CAI, SHARP e LI (1987)), índice de adaptação de TRNA (Tai, Sabi et al. (2017)) e minimizando o conteúdo do GC ou abordagem ajustando a acessibilidade do site de iniciação de tradução. Um poderoso e embutido algoritmo de otimização multiobjectivo é usado para otimizar a sequência usando o método convencional, enquanto, o serviço Tisigner de https://tisigner.com é usado para otimizar a sequência usando uma abordagem moderna.
- Previsão e otimização da Solubilidade Proteína
Isso é feito usando o índice ponderado por solubilidade (SWI, Bhandari et al. (2020)), um método recente, rápido e preciso de prever a solubilidade de proteínas. Hércules tem um algoritmo de otimização embutido para otimizar a solubilidade da sequência de proteína.
Outros recursos pequenos:
- tradução, complemento, complemento reverso e cálculo de temperatura do oligo. Esses recursos podem ser úteis para planejamento de experimentos de reação de cadeia de polimerase (PCR).
- mais para vir ...
Por favor Note:
- Por favor, leia a 'ajuda' dentro do aplicativo, se você Não tem certeza sobre esses recursos.
- Não há absolutamente nenhum anúncio neste aplicativo, apesar da loja de jogos dizendo 'contém anúncios'. Isto é devido ao SDK da Expo usando a rede de audiência do Facebook, embora o aplicativo não tenha código até mesmo chamar a biblioteca.
- Como muitos dos recursos são computados localmente, o aplicativo pode ficar visivelmente em telefones mais antigos com baixa potência de processamento. Desculpe por isso;)
Questões conhecidos:
-File Saving Caractere pode fazer com que o aplicativo falhe em dispositivos Android mais recentes (Android 11) devido a uma alteração feita pelo Google em relação ao armazenamento externo. Eu estou trabalhando em uma correção para este problema.
Open Source?
- Para desencorajar os Kangers, este projeto está atualmente próximo. No entanto, se a ferramenta tiver alguma tração, estou mais do que feliz em abrir o projeto no futuro próximo. Eu amo a fonte aberta tanto quanto você e todo o meu trabalho até agora é aberto.