Hercules: synthetic biology

Hercules является обязательным приложением для всех биологов, генных инженеров и биохимиков.
Что Геракл?
Это продвинутый, быстрый, современный и гладкий инструмент, предназначенный для увеличения производства белка из рекомбинантных экспериментов экспрессии. Это оптимизирует экспрессию белка и растворимость, обеспечивая при этом много полезных идей и описаний о последовательностях. В настоящее время, E.coli является хост поддерживает. Другие хосты могут быть включены в будущем.
Что Геркулес нет?
Это не один из тех вводных образовательных приложений с определениями и объяснениями вещей с красивыми картинками. Извините. Если ничего здесь не имело смысла для вас, я бы рекомендовал использовать поисковую систему, чтобы узнать больше об этих функциях. Я поддерживаю ограниченные вопросы, связанные с приложением и врежусь по электронной почте
Особенности:.
- мРНК и особенность белка
Несколько мРНКа таких функций, как кодоны адаптации Index (CAI), тРНК Адаптация Index (TAI), содержание ОЕ, белки гидрофобность, гибкость и растворимость вычисляются. Также отображается профиль участок этих функций, а также последовательность. Все последовательности автоматически проверяются на сигнальный пептид, используя услугу «Бритва» от https://tisigner.com. Многие функции работают в автономном режиме.
- Прогнозирование и оптимизация экспрессии мРНК.
Это может быть сделано либо с помощью обычных методов максимизации кодонов адаптации Индекс (CAI, Шарп и Ли (1987)), тРНК Адаптация Индекс (TAI, Саби и др. (2017)) и свести к минимуму содержание ГХ или современный подходить по настройке доступа к инициации трансляции сайта. Мощный, встроенный алгоритм многокритериальной оптимизации используются для оптимизации последовательности с использованием обычного способа, в то время как, обслуживание TIsigner от https://tisigner.com используется для оптимизации последовательности с использованием современного подхода.
- Прогнозирование и оптимизация растворимости белка
Это делается с использованием Растворимость Весовой индекс, недавний, быстрый и точный метод прогнозирования растворимости белка (SWI, Bhandari и др (2020).). Геркулес имеет встроенный алгоритм оптимизации для оптимизации растворимости последовательности белка
Другие особенности: малые.
- Перевод, комплемент, обратный комплемент и расчет температур плавления олиго. Эти функции могут быть полезны для планирования полимеразной цепной реакции (ПЦР) эксперименты
- еще впереди ...
Пожалуйста, обратите внимание:.
- Пожалуйста, прочитайте «Справка» внутри приложения, если вы неуверены об этих функциях
. - Там нет абсолютно никаких объявлений в этом приложении, несмотря на игровом магазин, говоря "содержит объявление. Это связано с экспо SDK с помощью Facebook, Audience Network, хотя приложение не имеет кода даже назвать библиотеку
. - Поскольку многие функции вычисляются локально, приложение может отставать заметно в старых телефонах с низким уровнем мощности. К сожалению об этом;)
Известные проблемы:
-File сохранение функции может вызвать приложение аварии на новых устройствах Android (Android 11) из-за изменения, сделанные Google в отношении внешних устройств хранения данных. . Я работаю над решением этой проблемы
с открытым исходным кодом
- Для того, чтобы отпугнуть kangers, этот проект в настоящее время рядом источников. Однако, если инструмент получает некоторую тягу, я более чем счастлив с открытым исходным кодом проекта в близком будущем. Я люблю с открытым исходным кодом, как много, как вы делаете, и все мои работы до сих пор является открытым исходным кодом.