Hercules: synthetic biology

Hercules is een must-have-app voor alle biologen, genetische ingenieurs en biochemists.
Wat is Hercules?
Het is een geavanceerde, snelle, moderne en slicke tool die is ontworpen om de proteïneproductie te maximaliseren van recombinante experimentelexperimenten. Het optimaliseert eiwituitdrukking en oplosbaarheid terwijl u veel nuttige inzichten en beschrijvingen geeft over de sequenties. Momenteel is E. coli de ondersteunde host. Andere gastheren kunnen in de toekomst worden opgenomen.
Welke Hercules is niet?
het is niet een van die inleidende educatieve apps met definities en uitleg van dingen met mooie foto's. Sorry. Als er niets logisch voor u heeft gemaakt, raad ik aan een zoekmachine te gebruiken om meer over deze functies te weten. Ik ondersteun beperkte query's met betrekking tot app en crasht via e-mail.
Kenmerken:
- MRNA en eiwitfuncties
Verschillende MRNA-functies zoals Codon Adaptation Index (CAI), TRNA-adaptatie-index (TAI), GC-inhoud, eiwithydrofobiciteit, flexibiliteit en oplosbaarheid worden berekend. Een profielcot van deze functies langs de reeks wordt ook weergegeven. Alle sequenties worden automatisch gecontroleerd op signaalpeptide met behulp van de service 'Razor' van https://tisigner.com. Veel van de functies werken volledig offline.
- Voorspelling en optimalisatie van mRNA-expressie.
Dit kan worden gedaan door de conventionele methoden voor het maximaliseren van de codonadaptatie-index (CAI, Sharp en Li (1987)), TRAA-aanpassingsindex (TAI, SABI et al. (2017)) te gebruiken en het minimaliseren van GC-inhoud of een modern te minimaliseren aanpak door de bereikbaarheid van vertaalinitiatiesite te stimuleren. Een krachtig, ingebouwde multiObjective-optimalisatie-algoritme wordt gebruikt om de sequentie te optimaliseren met behulp van de conventionele methode, terwijl Tisigner-service van https://tisigner.com wordt gebruikt om de reeks te optimaliseren met behulp van een moderne aanpak.
- Voorspelling en optimalisatie van eiwitoplosbaarheid
Dit gebeurt met behulp van de oplosbaarheid-gewogen index (SWI, Bhandari et al. (2020)), een recente, snelle en nauwkeurige methode voor het voorspellen van eiwitoplosbaarheid. Hercules heeft een ingebouwd optimalisatie-algoritme om de oplosbaarheid van de eiwitsequentie te optimaliseren.
andere kleine kenmerken:
- vertaling, aanvulling, omgekeerde aanvulling en oligo smelten temperaturen berekening. Deze kenmerken kunnen nuttig zijn voor het plannen van polymerase-ketenreactie (PCR) -experimenten.
- More to More to Ma ...
Let op:
- Lees de 'Help' in de app, als jij Wees onzeker over deze functies.
- Er zijn absoluut geen advertenties in deze app, ondanks de speelkast zeggen 'bevat advertenties'. Dit komt door de Expo SDK die het publieksnetwerk van Facebook gebruikt, hoewel de app geen code heeft om de bibliotheek te bellen.
- Omdat veel van de functies lokaal worden berekend, kan de app opmerkelijk blijven in oudere telefoons. Sorry voor dat;)
Bekende problemen:
-File Saving-functie kan de app veroorzaken op nieuwere Android-apparaten (Android 11) vanwege een verandering van Google met betrekking tot externe opslag. Ik werk aan een oplossing voor dit probleem.
Open Source?
- Om de kenmerken te ontmoedigen, wordt dit project momenteel afkomstig gedaan. Als de tool enige tractie krijgt, ben ik meer dan blij om het project in de nabijgelegen toekomst te openen. Ik houd van open source zo veel als jij en al mijn werk tot nu toe is open-sourced.