Hercules: synthetic biology

Herkül, tüm biyologlar, genetik mühendisler ve biyokimyenler için gereken bir uygulamadır.
Hercules nedir?
Rekombinant ekspresyon deneylerinden protein üretimini en üst düzeye çıkarmak için tasarlanmış gelişmiş, hızlı, modern ve kaygan bir araçtır. Diziler hakkında birçok yardımcı bilgi ve açıklamalar sağlarken protein ekspresyonunu ve çözünürlüğü optimize eder. Halen E. coli, desteklenen ev sahibi. Geleceğe diğer ana bilgisayarlar dahil edilebilir.
Hercules değil mi?
Bu, güzel resimlerle olan şeylerin tanımları ve açıklamaları olan tanıtım eğitimi uygulamalarından biri değildir. Üzgünüm. Burada hiçbir şey size mantıklı değilse, bu özellikler hakkında daha fazla bilgi edinmek için bir arama motoru kullanmanızı tavsiye ederim. Uygulama ile ilgili sınırlı sorguları destekliyorum ve e-posta yoluyla çöküyor.
Özellikler:
- MRNA ve Protein Özellikleri
Kodon Adaptasyon Endeksi (CAI), TRNA Adaptasyon Endeksi (TAI), GC içeriği, protein hidrofobitesi, esneklik ve çözünürlük hesaplanır. Bu özelliklerin sıra boyunca bir profil grafiği de görüntülenir. Dizilerin tümü, https://tisigner.com adresinden 'Razor' servisini kullanan sinyal peptidini otomatik olarak kontrol edilir. Özelliklerin çoğu tamamen çevrimdışı çalışır.
- mRNA ifadesinin tahmini ve optimizasyonu.
Bu, kodon adaptasyon indeksini (CAI, Sharp ve Li (1987)), TRNA uyarlama endekiminin (TAI, Sabi ve diğerleri (2017)) ve GC içeriğini veya modernini en aza indirgemeyen geleneksel yöntemleri kullanarak yapılabilir. çeviri başlatma sitesinin erişilebilirliğini ayarlayarak yaklaşım. Güçlü, dahili bir MultiObjective optimizasyon algoritması, geleneksel yöntem kullanılarak diziyi optimize etmek için kullanılırken, https://tisigner.com'dan TISIGNER hizmeti, modern bir yaklaşım kullanarak sırayı optimize etmek için kullanılır.
- Protein Çözünürlüğünün Tahmini ve Optimizasyonu
Bu, çözünürlük ağırlıklı indeks (SWI, Bhandari ve ark. (2020)), protein çözünürlüğünü öngörmenin son, hızlı ve doğru bir yöntem kullanılarak yapılır. Hercules, protein dizisinin çözünürlüğünü optimize etmek için bir dahili optimizasyon algoritmasına sahiptir.
Diğer küçük özellikler:
- çeviri, tamamlayıcı, ters komplike ve oligo eritme sıcaklıkları hesaplama. Bu özellikler polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) deneylerini planlamak için yararlı olabilir.
- Gelecek daha fazla ...
Lütfen dikkat:
- Lütfen uygulamanın içindeki 'Yardım'ı okuyun. Bu özelliklerden emin değiller.
- Bu uygulamada hiçbir reklam yok, 'reklamlar içeriyor' diyerek oyun mağazasına rağmen. Bu, Facebook'un izleyici ağını kullanarak Expo SDK'sından kaynaklanıyor, ancak uygulamanın kütüphaneyi bile arayacak kodu yok.
- Özelliklerin çoğu yerel olarak hesaplandığı için, uygulama düşük işleme gücüne sahip eski telefonlarda gözle görülür şekilde gecikebilir. Bunun için üzgünüm;)
Bilinen konular:
-File Tasarruf özelliği, Google'ın harici depolama ile ilgili bir değişiklik nedeniyle yeni Android cihazlarda (Android 11) çökmesine neden olabilir. Bu konu için bir düzeltme üzerinde çalışıyorum.
Açık Kaynak?
- Kangers'ı caydırmak için, bu proje şu anda kaynaklıdır. Bununla birlikte, araç biraz çekiş olursa, yakındaki gelecekte projenin kaynağını açmaktan mutluluk duyuyorum. Açık kaynağı yaptığınız kadar seviyorum ve şu ana kadar olan tüm çalışmalarım açık kaynaklı.